Han passat 15 anys des que la Selene i el seu amant, el Michael, híbrid entre humà i licantrop, van derrotar el vampir Marcus a Underworld Evolution. Durant aquests anys la humanitat ha descobert l'existència del clan dels vampirs i del dels licantrops, de manera que ha iniciat una lluita aferrissada per eradicar les dues espècies. La Selene, capturada durant el genocidi, es desperta després de més d'una dècada i s'adona que la tenen captiva en un laboratori hermèticament tancat a Antigen, una poderosa corporació biotecnològica que es dedica a desenvolupar una vacuna contra els virus que han creat a vampirs i a licantrops.